El Laboratorio de Biopsia Líquida (LBL), del Departamento de Oncología Médica, del Hospital Puerta de Hierro, proporciona servicios de diagnóstico y realiza proyectos de investigación en el campo de la medicina personalizada. Además, el laboratorio forma parte de las Unidades comunes del Instituto de Investigación Sanitaria Puerta de Hierro Segovia de Arana. El laboratorio está registrado en la REDLAB de la Dirección General de Investigación e Innovación Tecnológica de la Comunidad de Madrid con número de registro 419. El LBL es un laboratorio de referencia para el estudio de mutaciones somáticas (del tumor) de forma no invasiva, estando especializado en pacientes con cáncer de pulmón. De esta manera, LBL recibe muestras de hospitales de toda España, participando en varios ensayos clínicos del Grupo Español de Cáncer de Pulmón. El laboratorio recibe muestras de sangre de pacientes internos, así como de otros hospitales ubicados en la comunidad de Madrid para el diagnóstico de síndromes del cáncer hereditario mediante técnicas de secuenciación masiva.
Comprometido a proporcionar pruebas genéticas de alta calidad, LBL participa en varios esquemas de Evaluación de Calidad Externa (EQA) organizados por la Red Europea de Calidad de Genética Molecular (EMQN). El laboratorio ha acreditado la mayoría de sus pruebas NGS de acuerdo con ISO15189. LBL usa tanto plataformas Illumia como Ion (Thermofisher). LBL colabora en varios proyectos europeos de la convocatoria H2020 y forma parte del consorcio internacional BCAC. Además, el LBL lidera varios proyectos de investigación financiados por convocatorias nacionales de concurrencia competitiva, y tiene una extraordinaria producción científica publicando en revistas de alto impacto.
El laboratorio recibe estudiantes de diversas Universidades nacionales o internacionales. Del mismo modo recibe residentes de oncología, bioquímica clínica y análisis clínicos de diversos hospitales de ámbito nacional.
El estudio de biomarcadores en biopsia líquidas permite identificar mutaciones somáticas, del tumor, que son diana terapéuticas de ciertos fármacos dirigidos, en el plasma sanguíneo de los pacientes, siendo una técnica mínimamente invasiva. El laboratorio está acreditado conforme a la norma UNE-EN ISO 15189 para el estudio de mutaciones somáticas en el gen EGFR.
Tiempo de respuesta.
- El tiempo máximo de respuestas será de 12 días naturales.
Especificaciones del paciente.
- Dieta previa a la prueba. El paciente puede mantener su dieta habitual.
- Supresión de fármacos anterior a la prueba. No es necesario suspender la medicación.
- Periodo de ayuno anterior a la prueba. No es necesario el ayuno para la extracción.
Especificaciones del espécimen.
- Tipo de espécimen. Sangre periférica.
- Tipo de contenedor. Son válidos los tubos que aparecen en la IT-001 (Tubo PTT EDTA K2 (BECTON .DICKINSON) con gel separador, Tubo PAXgene Blood ccfDNA, Cell-Free DNA BCT Streck)
- Volumen mínimo. Siempre que las condiciones del paciente lo permitan se intentará recoger un volumen de entre 7 y 10 ml. Las muestras con menos de 7 ml se recogerán de igual forma y será el Responsable del Laboratorio de Biopsia Líquida-Oncología Médica el encargado de valorar las condiciones de la muestra.
- Recomendaciones especiales para el transporte. Se recomienda transportar la muestra tan pronto como sea posible para evitar la contaminación por DNA genómico.
Especificaciones analíticas.
- Método de análisis. Detección y cuantificación de ADN tumoral circulante mediante PCR digital basada en arrays.
- Instrumentación. PCR digital de Thermo Scientific.
- Especificaciones del parámetro. Se considerará positivo todo aquel resultado por encima del límite de detección de la prueba, establecido en 0.1%.
DIAGNÓSTICO MOLECULAR DE CÁNCER FAMILIAR
Esta prueba permite diagnosticar un síndrome de cáncer familiar (principalmente mama-ovario y Síndrome de Lynch) en familias de alto riesgo. También permite identificar a las pacientes candidatas a recibir un fármaco inhibidor del PARP. El laboratorio está acreditado conforme a la norma UNE-EN ISO 15189 para el estudio de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2.
Tiempo de respuesta.
- El tiempo máximo de respuestas será de 6 meses.
Especificaciones del paciente.
- Dieta previa a la prueba. El paciente puede mantener su dieta habitual.
- Supresión de fármacos anterior a la prueba. No es necesario suspender la medicación.
- Periodo de ayuno anterior a la prueba. No es necesario el ayuno para la extracción.
Especificaciones del espécimen.
- Tipo de espécimen. Sangre periférica.
- Tipo de contenedor. Tubo hematología EDTA.
- Volumen mínimo. Siempre que las condiciones del paciente lo permitan se intentará recoger un volumen de entre 7 y 10 ml. Las muestras con menos de 7 ml se recogerán de igual forma y será el Responsable del Laboratorio de Biopsia Líquida-Oncología Médica el encargado de valorar las condiciones de la muestra.
Especificaciones analíticas
- Método de análisis. Detección de mutaciones en los genes de susceptibilidad al cáncer por Secuenciación masiva/Sanger. Detección de grandes reordenamientos por electroforesis capilar.
- Instrumentación. Termocicladores/Secuenciador Sanger (Thermofisher scientific)/Secuenciador Masivo.
ORGANIGRAMA
1. DIRECCIÓN TÉCNICA
Responsable del Laboratorio de Biopsia Líquida
- Nombre y Apellidos: Atocha Romero Alfonso
- email: aromero@idiphim.org; atocha.romero@salud.madrid.org.
Jefe de Servicio de Oncología Médica:
- Nombre y Apellidos: Mariano Provencio Pulla
- email: mariano.provencio@salud.madrid.org
2. RESPONSABLE DEL SISTEMA DE GESTIÓN DE CALIDAD
- Nombre y Apellidos: Atocha Romero Alfonso
- Soporte: Cristina Avendaño Fernández (Responsable de Calidad del Instituto de Investigación Sanitaria Puerta de Hierro)
3. LISTADO DEL PERSONAL DEL LABORATORIO
- Nombre y Apellidos: Pilar Mediavilla Medel. Puesto: Personal de Laboratorio con titulación superior
- Nombre y Apellidos: Roberto Serna Blasco. Puesto: Personal de Laboratorio con titulación superior
- Nombre y Apellidos: Lucía Robado de Lope. Puesto: Personal de Laboratorio con titulación superior
- Nombre y Apellidos: Sandra Sanz Moreno. Puesto: Técnico de laboratorio
- Nombre y Apellidos: Alejandro Rodríguez Festa. Puesto: Técnico de laboratorio.
- Nombre y Apellidos: Patricia Gallego Gil. Puesto: Técnico de laboratorio.
- Nombre y Apellidos: Cristina Flores Perez. Puesto: Técnico de laboratorio
1. PROYECTOS EN CURSO
- 2022-actualidad: Validación clínica de un sistema para detectar translocaciones de ALK en vesículas extracelulares en plasma III. DTS21/00124 (ISCIII). Cuantía: 550,00€ (presupuesto exclusivo para el centro de la IP). IP. Coordinador (estudio multicéntrico): Atocha Romero.
- 2022-actualidad: Biomarkers4Cure. Biomarcadores predictivos de respuesta a combinaciones de inmunoterapia más quimioterapia neoadyuvante en pacientes con cáncer de pulmón operable. PI21/01500 (ISCIII). Cuantía: 200 €. IP: Atocha Romero.
- 2020-actualidad: Investigador colaborador en el proyecto RETOS-COLABORACIÓN titulado “BLI-O. Desarrollo de marcadores moleculares en biopsia liquida para larga supervivencia en oncoinmunoterapia (I-O)”. RTC2019- 007359-1. IP:Mariano Provencio.
- 2022-actualidad: Determinación de mutaciones DDR en una cohorte de pacientes con CPRCm mediante biopsia líquida (ctDNA). Concordancia con el estudio germinal y en tejido tumoral. PI 175/21. IP: Atocha Romero
- 2023-2025: Quimio-inmunoterapia en estadios localmente avanzados deCPCNP: validación de marcadores derivados del ctDNA y el microambiente tumoral. Funding body and call: ISCIII (AES 2022). PI22/01223. Cuantía: 620 €. I.P: Mariano Provencio (HUPH).
2. PUBLICACIONES SELECCIONADAS
- Provencio M, et al. Atezolizumab Plus Bevacizumab as First-line Treatment for Patients With Metastatic Nonsquamous Non-Small Cell Lung Cancer With High Tumor Mutation Burden: A Nonrandomized Controlled Trial. 2022. JAMA Oncol. Online ahead of print. doi: 10.1001/jamaoncol.2022.5959.
- Provencio M et al. Overall Survival and Biomarker Analysis of Neoadjuvant Nivolumab Plus Chemotherapy in Operable Stage IIIA Non-Small-Cell Lung Cancer (NADIM phase II trial). J Clin Oncol, 40(25):2924 2933. doi: 10.1200/JCO.21.02660
- Sánchez-Herrero E, et al. ALK-Fusion Transcripts Can Be Detected in Extracellular Vesicles (EVs) from Nonsmall Cell Lung Cancer Cell Lines and Patient Plasma: Toward EV-Based Noninvasive Testing. Clin Chem. 2022 Mar 28;hvac021.
- Casarrubios M,et al. Pretreatment Tissue TCR Repertoire Evenness Is Associated with Complete Pathologic Response in Patients with NSCLC Receiving Neoadjuvant Chemoimmunotherapy. 2021. Clin Cancer Res, 27(21):5878-5890. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-21-1200.
- Sierra-Rodero B, Cruz-Bermúdez A (CA), Nadal E, … Provencio M (CA) (26/26). Clinical and molecular parameters associated to pneumonitis development in non-small-cell lung cancer patients receiving chemoimmunotherapy from NADIM trial. J Immunother Cancer, 9(8): e002804. doi: 10.1136/jitc-2021-002804.
- Sánchez-Herrero E, et al. NGS-based liquid-biopsy profiling identifies mechanisms of resistance to ALK inhibitors: a step towards personalized NSCLC treatment. Mol Oncol. 2021 May 31. doi: 10.1002/1878-0261.13033
- Laza-Briviesca R, et al. Blood biomarkers associated to complete pathological response on NSCLC patients treated with neoadjuvant Chemoimmunotherapy included in NADIM clinical trial. 2021. Clin Transl Med, 11(7):e491. doi: 10.1002/ctm2.491.
- Pérez-Barrios C, et al. ctDNA from body fluids is an adequate source for EGFR biomarker testing in advanced lung adenocarcinoma. Clin Chem Lab Med. Clin Chem Lab Med. 2021 Mar 11;59(7):1221-1229
- Provencio M et al. Analysis of circulating tumour DNA to identify patients with epidermal growth factor receptor positive non-small cell lung cancer who might benefit from sequential tyrosine kinase inhibitor treatment. Eur J Cancer, 149:61-72. doi: 10.1016/j.ejca.2021.02.031.
- Provencio M et al. Neoadjuvant chemotherapy and nivolumab in resectable non-small-cell lung cancer (NADIM): an open label, multicentre, single-arm, phase 2 trial. 2020. Lancet Oncol, 21(11):1413 1422. doi: 1016/S1470-2045(20)30453-8.