En el año 1995 se puso en marcha un estudio prospectivo, clínico, epidemiológico y virológico de las infecciones respiratorias virales graves de los niños hospitalizados en el servicio de Pediatría del hospital Severo Ochoa, en estrecha colaboración con el Laboratorio de Gripe y Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología, Instituto de Salud Carlos III de Majadahonda (ISCIII). A lo largo de todos estos años se ha instaurado la recogida prospectiva de datos clínicos de todos los pacientes pediátricos ingresados por una infección respiratoria, así como un sistema de recogida y transporte de muestras respiratorias de todos los pacientes, para estudio virológico mediante inmunofluorescencia y RT-PCR, en el Laboratorio de Gripe y Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología. ISCIII.
Esta línea y grupo de investigación, completamente consolidados en la actualidad, ha ido aumentando progresivamente su alcance. Tras el descubrimiento de nuevos virus respiratorios a partir de 2001, nuestro estudio incluyó también el estudio de las características clínicas y epidemiológicas de las infecciones por estos virus emergentes: metapneumovirus humano, bocavirus, coronavirus y nuevos grupos de rinovirus.

Posteriormente, esta línea de investigación tuvo también como objetivo evaluar el posible impacto de las bronquiolitis graves, causadas por los distintos virus respiratorios, en el desarrollo posterior de patología respiratoria recurrente, fundamentalmente sibilancias recurrentes y asma en la infancia, con el seguimiento a largo plazo de los pacientes ingresados en los primeros meses de vida.

Por último, en los cuatro últimos años se ha puesto en marcha por nuestro grupo un estudio prospectivo del papel que tienen las infecciones respiratorias virales en los recién nacidos prematuros ingresados en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales, la respuesta inmune y la microbiota en la aparición de síntomas respiratorios durante el ingreso y en el desarrollo de patología respiratoria recurrente a medio plazo.

Manteniendo el grupo inicial, compuesto como ya se ha comentado, por el servicio de Pediatría del hospital universitario Severo Ochoa y el Laboratorio de Gripe y Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología (ISCIII), se han ido incorporando nuevos investigadores que han permitido profundizar en el conocimiento que tienen otros factores, como la respuesta inmune frente a las infecciones virales o la microbiota respiratoria y digestiva del huésped. Así, desde 2015 forman parte de nuestro grupo investigadores del servicio de Inmunología del Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz (IIS-FJD) y desde 2019, investigadores del Grupo de Bacterias Lácticas y Probióticos del Instituto de Agroquímica y Tecnología de los Alimentos del Centro Superior de Investigaciones Científicas (IATA-CSIC).

Esta línea de investigación ha sido financiada por sucesivos proyectos del Fondo de Investigaciones Sanitarias (FIS) y se ha plasmado en varias tesis doctorales, trabajos de fin de grado y en numerosas publicaciones nacionales e internacionales, que han situado a nuestro grupo como referencia nacional de la investigación clínica en infecciones respiratorias virales en los niños.

Actualmente 6 miembros de nuestro grupo forman parte de los grupos CIBER de Enfermedades Infecciosas y del CIBER de Enfermedades Respiratorias.

Tras la incorporación a nuestro grupo de los inmunólogos del IIS-FJD, ampliamos el estudio de la respuesta inmune no solo a las infecciones respiratorias graves y al asma, sino también a otra enfermedad, cuyos mecanismos etiopatogénicos no son bien conocidos, pero que cada vez se diagnostica con más frecuencia en la edad pediátrica: la esofagitis eosinofílica. Así, los gastroenterólogos pediátricos de nuestro servicio, en colaboración con los inmunólogos del IIS-FJD han implementado una línea de investigación, ya consolidada, centrada en el estudio de esta enfermedad: su incidencia y factores epidemiológicos; la influencia de la microbiota en la presentación clínica de la microbiota del paciente en la presentación clínica y la respuesta al tratamiento, así como en los mecanismos moleculares y farmacológicos de acción de los inhibidores de la bomba de protones en la esofagitis eosinofílica.